Recherche et enseignement
Je suis informaticienne et je travaille en bioinformatique au VIB-UGent Center for Plant Systems Biology. Mes recherches portent sur le développement de méthodes informatiques permettant d’extraire des connaissances biologiques à partir de jeux de données volumineux et complexes.
La plupart de mes projets se situent quelque part entre les algorithmes, les génomes et la régulation des gènes. L’objectif n’est pas simplement de produire davantage de résultats — la biologie en fournit déjà suffisamment — mais de les rendre interprétables, reproductibles et utiles.
Thèmes de recherche
Mes projets combinent développement logiciel, intégration de données et interprétation biologique, avec un intérêt particulier pour les plantes et diatomées.
Régulation des gènes
Je développe des méthodes pour reconstruire et explorer les relations de régulation entre les facteurs de transcription et leurs gènes cibles, notamment à partir de données de transcriptomique unicellulaire.
Biologie unicellulaire
Les données unicellulaires permettent d’étudier les processus biologiques à l’échelle des types cellulaires. Elles produisent également des jeux de données volumineux, clairsemés et parfois particulièrement récalcitrants, qui nécessitent des approches informatiques soigneusement conçues.
Génomique
Je travaille avec des données de séquençage à lectures courtes et longues afin d’assembler, d’évaluer et de comparer des génomes, depuis des projets liés aux plantes jusqu’à des organismes non modèles qui manifestent peu d’intérêt à faciliter le processus.
Logiciels
Une partie importante de mon travail consiste à transformer des idées scientifiques en logiciels utilisables : concevoir des workflows, implémenter des méthodes, tester les résultats et tenter de rendre les analyses complexes reproductibles.
Projet phare
MINI-EX est un framework informatique destiné à reconstruire des réseaux de régulation des gènes spécifiques aux types cellulaires à partir de données de transcriptomique unicellulaire. Il intègre l’expression des gènes, des informations sur la liaison des facteurs de transcription et une priorisation fondée sur les réseaux afin d’identifier les régulateurs associés à des processus biologiques particuliers.
Le projet est parti d’une question apparemment simple : pouvons-nous aller au-delà de la description des gènes exprimés et identifier les régulateurs susceptibles de contrôler ces programmes d’expression ? Plusieurs versions, de nombreux jeux de données et quelques séances de débogage plus tard, la réponse semble être oui.
Découvrir le projet MINI-EX
Des méthodes à la biologie
Les méthodes sont surtout utiles lorsqu’elles nous ramènent à la biologie. J’applique des approches d’inférence de réseaux et d’intégration de données à des questions liées au développement des plantes, aux réponses au stress, à l’identité cellulaire et à la régénération.
Mes travaux récents incluent notamment l’analyse des réseaux de régulation de l’embryogenèse somatique du maïs, dans laquelle les prédictions informatiques ont permis de prioriser des régulateurs morphogéniques candidats en vue de leur validation expérimentale.
Enseignement et supervision
En parallèle de mes recherches, j’enseigne la bioinformatique, Linux, la programmation et la pensée informatique. À l’Université de Gand, j’enseigne et j’encadre des étudiants dans le cadre du Master of Science in Biochemistry and Biotechnology, notamment dans la spécialisation Bioinformatics and Systems Biology, et je coordonne le module Foundations de l’Executive Master in Digital and IT Essentials de ULB/VUB. Selon les jours, cela signifie expliquer des commandes shell, Python, des algorithmes ou simplement pourquoi un terminal n’essaie pas réellement d’intimider qui que ce soit.
Bases de la ligne de commande, traitement de texte, scripts shell, environnements HPC et travail informatique reproductible.
Supervision de projets interdisciplinaires combinant questions biologiques, analyse de données et développement logiciel.
Algorithmes, Python, structures de données et pensée informatique pour des étudiants issus de formations scientifiques ou non techniques.
Participation à des séminaires et séances pratiques en génomique, génomique comparative, analyse unicellulaire et calcul scientifique.
Un parcours légèrement indirect
Mon parcours académique a commencé par l’informatique et le développement logiciel avant de se diriger progressivement vers la génomique et la biologie évolutive. Cette combinaison influence toujours ma manière d’aborder la recherche : les questions biologiques d’un côté, les détails d’implémentation de l’autre.
Avant de travailler sur les réseaux de régulation végétaux, j’ai étudié l’évolution des génomes et l’introgression entre des espèces proches de chrysomèles. Les organismes et les questions ont changé, mais le fil conducteur reste le même : utiliser des méthodes informatiques pour comprendre le fonctionnement des systèmes biologiques.
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